Pela Constituição Federal, o controle externo da Polícia é exercido pelo Ministério Público. A proposta retira do MP essa responsabilidade, que passaria a ser do Conselho, composto, em sua maioria (10 do total de 17), por integrantes da própria Polícia. "A Polícia não quer se submeter ao controle de ninguém. Hoje, o controle externo é exercido com eficiência pelo Ministério Público. Se tal Conselho for instituído, o controle deixará de ser externo e continuará a ser interno", disse César Mattar Jr., ao justificar a posição contrária da CONAMP à PEC 381/09. O presidente da CONAMP destaca ainda que a proposta é uma reação à atuação firme do MP, "O Ministério Público está agindo com rigor, mas dentro dos parâmetros constitucionais. A proposta soa como reação a essa atuação. Uma proposta que afronta diretamente o pacto federativo, na medida em que retira atribuições dos Executivos estaduais, inclusive".

Outro problema da proposta, apontado na sessão da CCJ pelo deputado Flávio Dino (PCdoB-MA), é que um conselho como esse, a ser nomeado pelo presidente da República, fere a independência dos estados, uma vez que os governadores são os chefes das polícias. "Isso fere o pacto federativo, é inconstitucional. Quem vai dar a palavra final sobre a punição de um escrivão de polícia de uma delegacia, o governador ou o Conselho Nacional de Polícia? Estamos aqui reinventando o princípio da separação dos poderes. Essa PEC é absolutamente incompatível com nosso regime constitucional", argumentou o parlamentar, que apresentou requerimento de adiamento de votação, mas que não foi aprovado pela Comissão.

O deputado José Genuíno (PT-SP) também foi enfático ao pedir a reprovação da PEC 381/09 e ainda apresentou três destaques ao texto, para evitar que o controle externo passasse do MP para o conselho e impedir que um conselho dessa natureza expedisse atos regulamentares. Os destaques foram rejeitados pela CCJ. Ao votar contra a admissibilidade da proposta, o parlamentar rebateu as alegações de que o Conselho Nacional de Polícia funcionaria como o Conselho Nacional de Justiça – CNJ e o Conselho Nacional do Ministério Público – CNMP. "Comparar esse conselho ao CNJ e ao CNMP é totalmente equivocado. A Polícia não é um Poder, é uma função de Estado, comandada pelos governadores e já controlada externamente pelo Ministério Público", disse Genuíno.